人気アニメシリーズ「空の境界」の原作者・奈須きのこ率いる「TYPE-MOON」が原作を務め、ゲームやTVアニメなどさまざまメディアで展開する「Fatestay night」の劇場版少年・士郎は街を焼き尽くすほどの大災害で全てを失い、魔術師を名乗る男に引き取られる。それから10年、士郎はふとしたことから「聖杯戦争」と呼ばれる魔術師同士の争いに巻き込まれ、幼い頃に起きた惨劇を繰り返さないために、壮絶な戦いに身を投じることになる。